C.E.70，血色情人节事件摧毁了尤尼乌斯7，也撕裂了地球浅层次元壁垒。自然人与调整者的战争由此全面爆发，而地表人类并不知道，战争产生的核能、反应堆与大规模机甲作战正在持续冲击被隐藏的次元结构。

地底与高维空间中，玛娜文明依靠掠夺次元能量维持地表的虚假和平，并将无法适配玛娜的诺玛视为异端。龙族则趁次元壁垒松动不断入侵地球。调整者因基因构造特殊，被玛娜体系判定为高阶诺玛，既遭受自然人的战争歧视，也成为玛娜政权重点清除的对象。

C.E.71，赫利奥波利斯高达抢夺事件爆发，基拉·大和与阿斯兰·萨拉再次站到战场两端。同一时期，安洁莉丝被发现拥有诺玛体质，从皇女沦为军奴。随着大天使号与诺玛部队相遇，地表战争、玛娜统治和龙族入侵逐渐显露为同一场危机的不同层面。玩家将在崩塌的旧秩序中决定帮助谁、相信什么，以及人类是否能够在创世纪与次元裂痕同时降临前选择共存。