一千年前，人类与恶灵一族——奥鲁古展开惨烈大战。在圣兽的帮助下，远古的百兽战士大神月磨击败了奥鲁古的领袖，将其封印于黑暗之中。

然而千年之后，封印松动，奥鲁古再度苏醒，向人类世界展开复仇。五位被圣兽选中的年轻人——兽医狮子走、飞行员候补生鹫尾岳、快递员鲛津海、前相扑力士牛达草太郎、武道少女大河冴——组成新一代的牙吠连者，肩负起守护地球生命的使命。

他们驾驭百兽之力，对抗奥鲁古的高等公爵——酒吞、温罗、罗刹及其麾下的邪鬼帝国。随着战斗的深入，千年前的战士大神月磨挣脱黑暗控制，以牙吠银的身份加入战队。最终，三位高等公爵合体为千鬼，牙吠连者集结全部百只威力兽之力，将邪恶彻底粉碎。