公元2000年，长野县九郎岳遗迹的发掘中，一具佩戴石化腰带的古尸重见天日，随之苏醒的，是超古代战斗民族——古朗基。他们以“基基鲁”杀戮游戏为乐，视现代人类“临多”为猎物，展开血腥的狩猎。

长野县刑警一条薰在追查连续杀人事件时，与自称冒险家的青年五代雄介相遇。雄介在遗迹腰带的感召下，将之着装于身，变身为古代战士——假面骑士空我。他继承超古代战士“临多”的遗志，以守护人们的笑容为信念，决心与古朗基展开死斗。

然而，古朗基内部等级森严，从Zu集团至Go集团，游戏规则愈发残酷，甚至出现能如空我一般变换形态的葛集团最强战士。警方将空我与古朗基分别编号为“未确认生命体第4号”与“未确认生命体”，双方在科学搜查与超古代力量的交织下，逐步揭开残酷游戏的全貌。