2016年，一种名为「崩源体」（Bugster）的未知电脑游戏病毒开始侵蚀人类世界。感染者会患上「游戏病」，身体逐渐被病毒吞噬，现实与虚拟的界限由此崩坏。

为了对抗这场危机，卫生省秘密设立了「电脑救命中心」（CR），并开发了「玩家驱动器」与「转玩卡带」——只有真正的游戏高手才能驾驭这力量，化身假面骑士，从病毒手中拯救生命。

圣都大学附属医院的实习医生宝生永梦，同时也是化名「M」的天才玩家。在一次意外中，他获得了「Mighty Action X」卡带，变身为假面骑士Ex-Aid。然而，战斗远不止消灭怪物那么简单——永梦体内隐藏着与崩源体息息相关的惊天秘密，而幕后黑手幻梦集团社长檀黎斗，正一步步将这场游戏推向不可逆转的终局……