公元2050年，神谕细胞在北欧被发现。这种细胞具备自主思考与捕食一切物质的能力，没有DNA作为遗传基因，与碳基生物有着根本性的结构差异。它们不断捕食物质，突变出名为「核」的器官，聚合形成荒神。

荒神以捕食为唯一目的，在极短时间内将人类文明摧毁殆尽。世界人口锐减至原有的百分之一，都市文明化为废墟。常规兵器对荒神完全无效——子弹和炮弹在接触荒神身体的瞬间就会被「捕食」分解。

绝望之中，科学企业「芬里尔」发现神谕细胞的「偏食」现象，提炼出「偏食因子」，开发出能够与荒神对抗的生体兵器「神机」。通过向人体接种偏食因子，训练出一批能够操纵神机、以神谕细胞对抗荒神的战士——「噬神者」（God Eater）。

公元2071年，故事发生在芬里尔极东支部。支部位于日本地下深处，上方是荒芜的地表世界，被荒神占据的废墟与荒野延伸至地平线尽头。

P53偏食因子注射制度：神机使需每24小时注射一次P53偏食因子以维持神机同步率稳定并防止反噬。缺乏注射会导致神机失控、同步率下降，严重时神机会反噬使用者。

神机绑定禁忌：神机一旦与神机使完成绑定，禁止非本人触碰。否则神机会将触碰者识别为「异物」并启动无差别捕食机制。神机使死亡后，其神机需经过约72小时的「解绑」仪式才能被他人使用。

荒神化：神机使过度使用神机或适合率异常时，体内神谕细胞会失控侵蚀人体，导致荒神化。荒神化者会逐渐失去理智，身体变异为荒神形态。

感应现象：部分神机使与荒神之间存在精神层面的共鸣，可感知到荒神的情绪、意图，甚至与其进行某种形式的「对话」。

芬里尔极东支部：远东地区最大的据点，设有作战指挥中心、训练场、居住区、医疗班、整备班等。下设第一部队（讨伐班）、第二部队（防卫班）、第三部队（支援班）。

荒神教团：崇拜荒神的邪教组织，在废墟与平民居住区中秘密活动，利用宗教仪式控制信徒，进行人体实验与恐怖袭击。

圣盾岛：芬里尔秘密建造的移动要塞，圣盾计划的核心设施，藏有能够逃离地球的「诺亚方舟」。

玛纳加尔姆计划：以北欧神话中追逐月亮的巨狼命名。计划目标是将P73偏食因子植入人体，制造能与荒神细胞共存的「新人类」。因动物实验成功率接近100%，项目负责人爱夏·戈什决定在自己未出生的儿子（索玛）身上进行测试。

实验造成灾难性后果。爱夏·戈什被神谕细胞侵蚀，在2053年8月28日生下索玛后死亡。几乎所有相关人员死亡，仅索玛和约翰内斯幸存。

唯一的成功个体索玛·希克扎尔能自主生成偏食因子，无需定期注射。基于对索玛的研究，芬里尔才掌握了制造「神机」的核心技术，催生了噬神者。

圣盾计划与方舟计划：极东支部长约翰尼斯秘密推进的终极计划，旨在通过引发「终末捕食」——让荒神吞噬整个地球后，乘坐「诺亚方舟」逃离地球，在月球建立新文明。

雨宫林道：第一部队队长，26岁，少尉。部队生还率高达90%以上。2071年在任务「苍穹之月」中遭遇地母波里提毗后失踪，后被发现已荒神化，被囚禁于汉尼拔侵蚀种体内。

橘咲夜：第一部队副队长，21岁。林道失踪后独自调查圣盾计划真相，潜入圣盾岛。最终与获救的林道结婚。

索玛·希克扎尔：18岁，玛纳加尔姆计划唯一成功个体。12岁便成为神机使，无需腕轮注射即可自我分泌偏食因子。亲手消灭了父亲约翰尼斯。

艾莉莎·伊莉妮琪娜·奥美拉：15岁，新型神机使，从俄罗斯支部转入。因幼年目睹双亲被荒神杀害而隐藏巨大精神创伤，在苍穹之月任务中误射导致林道被封。

藤木浩太：15岁，与主人公同期加入。乐天派，艾力克阵亡后继承遗志，后接任第一部队队长。

雨宫椿：29岁，林道的姐姐，「魔鬼教官」。曾是极其优秀的枪型神机使，后退役转任教官。

沛拉·榊：47岁，研究员、博士，玛纳加尔姆计划核心参与者之一。方舟事件后接任极东支部长。

约翰尼斯·冯·希克扎尔：45岁，极东支部长，索玛之父。圣盾计划与方舟计划主导者，最终被索玛亲手消灭。

希欧：外表约10岁的谜之少女，真实身份为特殊的荒神。自愿被索玛吞噬，核心与林道荒神化的右手合而为一，抑制荒神化。

楠六花：18岁，整备天才，5年以上实战经验。继承亡父（前芬里尔技术人员）真传，喜欢喝冰凉咖喱饮料。为林道特制了掩盖荒神化右手的笼手。

苍穹之月篇：主人公与藤木浩太通过适合性审查，作为第二世代神机使配属至第一部队。在「铁雨」任务中，艾力克为保护主人公，被奥迦之尾贯穿胸膛阵亡。艾莉莎从俄罗斯支部转入极东支部。主人公等人执行讨伐任务逐渐成长。任务「苍穹之月」中，林道为掩护部下独自断后，遭遇地母波里提毗后失踪。艾莉莎误射精神崩溃。

终末捕食篇：苍穹之月篇结束数月后，希欧与主人公相遇。此前她一直在帮助荒神化的林道。主人公探望艾莉莎时引发共鸣现象，发现事件幕后黑手。橘咲夜发现圣盾计划真相，与在主人公帮助下走出阴影的艾莉莎潜入圣盾岛。主人公等人攻入圣盾岛与约翰尼斯决战。索玛亲手消灭约翰尼斯，希欧自愿被吞噬，终末捕食被阻止，方舟计划粉碎。

苍穹之真月篇：荒神侵入极东支部，主人公强制与林道神机连接而陷入危险时，莲首次出现并帮助了主角并告知荒神化神机使的处理方法。林道荒神化归队，与橘咲夜结婚。沛拉接任支部长。林道摆脱荒神化归队，与橘咲夜结婚。

小型荒神（堕天种）：奥迦之尾、茧处女、女神之卵等，通常成群出现。

中型荒神：伐斩罗（大型猫科，雷属性）、金刚（猿型，冰属性）、葛波洛（虫型，钻地毒液）、伯德·卡姆兰、昔拉等。

大型荒神：乌洛波洛斯、阿尔达洛亚、地母波里提毗、汉尼拔、天父狄阿乌斯等。

接触禁忌种：天父狄阿乌斯、地母波里提毗、须佐之男。与人类崇拜的神明形态相似，极为强大。

九尾：唯一被记录的感应种，2074年后出现的新型威胁。巨大的九尾狐，九条尾巴分别代表不同属性。

武器系统：近战武器包括单手剑、长剑、巨剑、短剑、锤、镰六种；枪械包括狙击型、强袭型、近接型、综合型四种；盾牌分为小盾、中盾、大盾三种。

部位破碎：对中型或大型荒神的特定脆弱部位累积足够伤害后将其破坏，成功破坏时有橙色爆炸特效提示。可获取稀有素材、改变战斗局势、创造输出机会。但部分部位破坏会解锁荒神更强招式，且破坏后荒神通常会陷入狂暴状态。

辅助作战道具：医疗类（治疗弹、再生药剂、急救包）、攻击类（闪光手雷、音爆手雷、陷阱地雷）、辅助类（诱饵装置、烟雾弹、加速药剂）及特殊道具（荒神诱饵、探测器、撤离信号弹）。