《重返未来：1999》的世界观建立在一个人类与神秘学家共存的架空世界。故事的开端是1999年的最后一天，一场名为“暴雨”的超自然灾难降临。这场雨违背物理定律，自地面向天空倒流，在雨水的冲刷下，除主角外的所有人都会溶解消失，世界的时间会被强行回溯到过去的某个时代。 维尔汀是唯一能在“暴雨”中行动自如的“司辰”。她隶属于收容神秘学家的组织“圣洛夫基金会”，需要利用特殊的手提箱，在不同时代中穿梭，寻找并庇护其他幸存的神秘学家伙伴，共同对抗灾厄。而与之对立的，则是名为“重塑之手”的激进组织，他们试图利用“暴雨”的力量光复神秘学的荣光，让世界回到他们认为“正确”的年代。