将月球炸成永久新月状的元凶，并扬言翌年3月也要炸毁地球的神秘存在。然而，他却主动提出担任椚丘中学3年E班的班主任。这个拥有20马赫超高速移动、再生能力、以及无数触手的“章鱼型”教师，与学生定下契约：“一年之内，只要你们能用任何手段杀死我，地球就能得救；若失败，地球将面临毁灭。”
但是，他却以超一流的教学热情，帮助垫底的E班学生们提升成绩、磨练暗杀技巧……是“教师”亦是最危险的暗杀目标。

位于深山中的旧校舍，聚集着被主校区“精英制度”淘汰的学生。学力低下、性格缺陷或违反校规者都会被发配至这个“ End Class ”，遭受教师与优等生的歧视。
然而，政府与各国暗杀部队发觉“杀老师”的目标指向3年E班，便将此处改造为全天候暗杀特区。学生们获得特许携带特制武器（对教师专用刀、BB弹等），在每日课堂之后执行暗杀任务。这个班级既是绝望的收容所，也是靠“暗杀”与“学习”来扭转命运的战场。

每天早晨，学生们一边听课一边寻找杀老师的破绽。数学公式之后可能就是突袭刀刃，英语语法讲解中突然射出反物质BB弹。杀老师以变态级别的感应能力躲避一切攻击，同时因材施教，让每个学生发挥特长。
班级的目标变得二元：利用杀老师指导提升学力 → 考入理想高校证明E班价值 → 同时磨炼暗杀技艺，最终亲手取下老师性命拯救地球。但在一次次暗杀的失败与成功经验中，师生间逐渐产生了难以割舍的羁绊。“暗杀”既是杀意，也成了表达感谢的方式。

暗杀教室群像剧的核心——每一位学生都有自己的暗杀方式与挣扎。

为确保暗杀教室正常运作又不妨碍日常，政府制定了独特的规则体系。

🔥 最讽刺也最温暖的设定——杀老师使用超回复力与教室环境监控，无论暗杀多么惨烈都绝不会真正伤害学生，甚至会帮助受伤者治疗。学生们从最初的憎恨，逐渐转变为敬爱，但仍被迫继续这场“全世界最悲伤的暗杀任务”。

随着剧情深入，揭开了杀老师作为实验体“死神”的悲惨过去——他曾经是人类最厉害的杀手，后因挚友&学生“雪村亚久里”（茅野枫的姐姐）的献身与期望，转变为怪物般的存在。
成为杀老师之后，他唯一的心愿就是教导雪村老师最后的学生（3年E班）让他们拥有光明的未来。整个暗杀教室，其实是杀老师为自己策划的“赎罪式毕业典礼”，他早已决定在毕业那天被学生们亲手杀死，并把未来的可能性交给他们。
“比起被军队扼杀，我更希望死在你们手中。因为你们是我的骄傲。” —— 真正的暗杀教室，是少年少女用一年时间学会成长、告别、然后亲手斩断这段至为深刻的师生羁绊的故事。

毕业之时，全班学生集合一切暗杀技术、战术配合与一年间培育的羁绊，共同刺向杀老师的核心。杀老师微笑着接受，同时留下“不会后悔的课堂”。在晨曦中化为光点消逝。
但他留下的东西至今影响每个人：E班所有学生最终以惊人成绩证明自己并非“垃圾”，并继承了杀老师的意志——成为一个不放弃任何学生的“老师”。暗杀教室虽不复存在，但那间旧校舍里学会的爱与暗杀哲学，永远镌刻在他们的人生中。