故事以现代日本为背景，工藤新一因撞见黑衣组织交易，被灌下毒药APTX-4869身体缩小为小学生，化名江户川柯南寄住在毛利兰家，借助阿笠博士的道具借毛利小五郎身份破案。 核心冲突为红方与黑衣组织的对抗。黑衣组织是跨国犯罪集团，以酒名为代号，从事暗杀、非法实验等勾当，首领为乌丸莲耶。红方包含柯南、灰原哀、阿笠博士，以及日本警方、FBI、CIA、日本公安等多方势力，还有服部平次、怪盗基德等助力。 世界观融合现实社会与“柯学”设定，时间线缓慢推进，日常案件与主线剧情交织。柯南一边破解各类案件坚守“真相只有一个”，一边隐藏身份搜集组织线索，伺机恢复身体并守护