故事发生在世界已摒弃争端、人类向宇宙进军的近未来。地球和平联合组织TPC的队员大古，在一次意外中化身为光之巨人迪迦奥特曼，与超古代时期一同陷入沉睡的怪兽和邪恶宇宙人展开激战。 不同于以往的光之巨人，迪迦可以在复合型、力量型和空中型之间自由转换以应对强敌。随着战斗深入，大古逐渐揭开超古代文明的覆灭之谜，意识到迪迦之光实则源于人类自身的光明。