哈利·波特在德思礼家度过了悲惨的十年，直到11岁生日那天，他得知自己是一名巫师，并被霍格沃茨魔法学校录取。在学校里，他结识了罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰，并发现了藏在三头犬路威看守的活板门下的魔法石。哈利与朋友们挫败了奇洛教授（被伏地魔附身）窃取魔法石的阴谋，首次直面了杀死他父母的凶手。

霍格沃茨发生了一系列袭击事件，学生们被石化。传说中只有斯莱特林的继承人才能打开密室，释放里面的怪物。哈利发现自己能听到墙里的声音，并最终找到了密室入口。在密室里，他面对年轻的伏地魔（汤姆·里德尔的日记）和蛇怪，救出了金妮·韦斯莱，摧毁了魂器之一——汤姆·里德尔的日记。

危险的囚徒小天狼星·布莱克从阿兹卡班越狱，据说要来追杀哈利。哈利得知小天狼星是他父母的挚友，也是他的教父，但被认为是背叛了波特夫妇的叛徒。实际上，真正的叛徒是小矮星彼得。在时间转换器的帮助下，哈利和赫敏救出了小天狼星和鹰头马身有翼兽巴克比克，揭示了真相。

霍格沃茨举办三强争霸赛，哈利被火焰杯选为第四位勇士。比赛中，他成功完成了三项任务，但在最后的奖杯处被传送到墓地，亲眼目睹了小矮星彼得用哈利的血使伏地魔复活。塞德里克·迪戈里被杀害，哈利与复活的伏地魔展开决斗后惊险逃生，带回了伏地魔归来的消息。

魔法部拒绝相信伏地魔归来，并派遣多洛雷斯·乌姆里奇干预霍格沃茨。哈利组织"D.A."（邓布利多军）秘密学习黑魔法防御术。在神秘事务司的预言厅，哈利和朋友们中了埋伏，小天狼星在战斗中牺牲。邓布利多与伏地魔正面交锋，魔法部终于不得不承认伏地魔归来的事实。

邓布利多亲自教导哈利关于伏地魔的过去和魂器的秘密。哈利得到一本属于"混血王子"的魔药学课本。马尔福试图将食死徒引入学校。邓布利多带哈利找到一个魂器（斯莱特林的挂坠盒），但回到学校时遭遇埋伏。斯内普杀死邓布利多，哈利发现自己必须找到并摧毁所有魂器才能打败伏地魔。

哈利、罗恩和赫敏离开霍格沃茨，寻找并摧毁剩余的魂器。他们了解到死亡圣器的传说：老魔杖、复活石和隐形衣。在霍格沃茨的最终决战中，多个魂器被摧毁。哈利得知自己也是伏地魔无意中制造的魂器，自愿赴死。但莉莉的保护咒使他在生死边缘幸存，最终击败了伏地魔。